ヨーロッパの地中海側では11世紀頃からイタリア半島の諸都市が力をつけ、ジェノヴァやヴェネツィアの海軍が活躍した。東地中海の覇権は東ローマ帝国からジェノヴァ・ヴェネツィアに移り、各国はその力を無視できなくなる。
この頃の軍船はガレー船のほかに帆船も使われるようになり、火薬を使った鉄砲や大砲が装備されるようになった。しかし遠距離攻撃を行う武器が出現しても、接舷して相手の船に乗り移っての白兵戦は、依然として重要な攻撃手段であり続けた。
15世紀頃からビザンティン帝国を滅ぼしてエーゲ海・マルマラ海沿岸のギリシャ人・トルコ人海上勢力を支配下に入れたオスマン帝国が海軍力で優位に立ち、16世紀には北アフリカのバーバリ海賊もこれに加わって西地中海まで制した。16世紀後半までは、実質的にオスマンの世紀だったと言える。
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一方、大西洋側では16世紀にスペインやポルトガルの海軍が優位に立ち、地中海の覇権を巡ってオスマン帝国と争う一方、大西洋やインド洋まで展開するようになった。しかし同世紀の末にはスペインの無敵艦隊（アルマダ）がイギリスに敗れ、スペインの国力も急速に低下していった。17世紀には、イベリアの両国にかわって新興のオランダ、イングランドの海軍が有力となっていく。
バルト海においては、中世以来、都市同盟のハンザ同盟が優位に立っていた。これに対して、北欧では、ヴァイキングを継承するデンマークが国家として海軍を形成し、大航海時代に参画し、インドにまで達している。